广东药科大学基础医学院前身为1978年成立的基础学科部，2004年3月成立基础学院，2019年2月数学系、物理系并入医药信息工程学院，基础学院6个系、2个研究所和1个省级重点实验室优化融合进生命科学与生物制药学院。2022年12月从生科院分设，并更名为基础医学院。

学院坐落于风景秀丽的广州大学城主校区，占地面积23,000 m²,其中实验大楼和人体科学教育中心占地约17,000 m² ，学院现有人体解剖学与组织胚胎学系、病原生物学与免疫学系、病理学与病理生理学系、生物化学与分子生物学系、细胞生物学与医学遗传学系和生理学系6个系部，拥有广东省实验教学示范中心“基础医学综合技能实验教学示范中心”和“人体科学教育中心”两个教学和科普平台，以及“广东省生物活性药物研究重点实验室”。其中“人体科学教育中心”为国家大学生文化素质教育基地子基地暨广州市科普教育基地。

学院现有专任教师78人，其中教授21人，副教授20人，具有博士学位教师占比达到71.43%。拥有享受国务院特殊津贴专家1人、南粤优秀教师2人、“广东省特色创新青年人才对象”1人、“广东省高校优秀青年教师培养计划培养对象”2人、“广州市珠江科技新星”2人、校级第四层次和第五层次人才7人、广东省 “千百十”工程培养对象1名，校级“千百十”工程培养对象21名。

基础医学院承担全校49个专业中的47个专业的103门基础必修课和选修课的教学任务。基础医学教学团队2015年获批为“广东省教育厅省级教学团队”，《人体解剖学》为省级线上线下混合式一流课程、《生理学》等为省级线下一课程、《医学遗传学》为省级精品在线开放课程。